Все сценарии K * всегда запускаются перед любыми сценариями S *, по крайней мере, в Debian 6 /etc/init.d/rc. (Другими словами, существуют отдельные этапы «стоп» и «загрузка».)
Обратите внимание, что некоторые реализации на самом деле не гарантирует порядок в пределах стадии - например, Debian 6 может использовать startparдля запуска нескольких сценариев параллельно, если они явно не объявлять зависимости друг от друга. (Systemd в Debian 8 всегда делает это, даже для импортированных скриптов sysvinit.)