Существует поток TechNet, который обрабатывает эту проблему:
Microsoft подтвердила, что это известная проблема:
Согласно информации и тестам нашей команды разработчиков продукта, теперь мы можем подтвердить, что это известная проблема. И мы работаем над тем, чтобы это исправить.
Приглашение Smartscreen не отображается для приложения ClickOnce, поскольку Windows 10 Update 1803