Да, ecryptfs шифрует отдельные файлы (как правило, используя шифрование AES, если я помню). Данные зашифрованы в покое.
Тем не менее, существуют существенные ограничения для немного более старых (например, 2015 и более ранних) реализаций, в частности CV-2014-9687, среди прочих - что делает его лучше, чем ничего, но не в той же категории, что и полное шифрование диска LUKS. (Как правило, в этом пакете есть запись безопасности менее звездной, но она, безусловно, лучше, чем ничего, и полезна, когда вам нужно синхронизировать файл - просто не забудьте также сделать резервную копию файла .encfs ?.