Похоже, текущая версия byobu (5.18) работает из коробки на Cygwin.
Чтобы установить его, я сделал следующее:
- загрузить byobu с https://launchpad.net/byobu
tar xzpf byobu-* && cd byobu-*
- установить марку и экран в cygwin
./configure && make && make install
а бёбу работает ...