Вы должны сделать окно плавающим, чтобы оно не учитывалось в макетах листов. Добавив это к предложению выше:
-- [...] { rule = { class = "your-app-class-here" }, properties = { floating = true }, callback = function( c ) c:geometry( { width = 200, height = 800 } ) end }, -- [...]