Извините, если это звучит легкомысленно, но вы можете переключиться на другой терминал (скажем, тот, который поставляется с XFCE). Поэтому я предлагаю это потому, что, AFAIK, гном-терминал только принимает свои настройки из гнома-настройки-демон.
Другой способ исправить это может быть запустить xsettingsd: https://code.google.com/p/xsettingsd/
Он должен быть заменой gnome-settings-daemon. Я запускаю его, но так как я на самом деле не запускаю много приложений GNOME, я не могу с уверенностью сказать, что это действительно работает (в основном, я настроил это однажды давным-давно, и, так как на самом деле это не так использовать столько ресурсов, я просто оставлю это в покое).