Поскольку подстановка команды находится в двойных кавычках, она оценивается во время определения команды. Это заставляет find
просматривать содержимое вашего жесткого диска во время .bashrc
работы.
Вы, напротив, похоже, хотите, чтобы это оценивалось во время использования. В этом случае используйте одинарные кавычки:
alias prog='/path/to/script.sh $(find "$(pwd)" -name prog)'
Обратите внимание, что этот псевдоним завершится ошибкой, если в любом из найденных файлов есть пробелы в именах. Чтобы избежать этого:
alias prog='find . -name prog -exec /path/to/script.sh {} +'
Эта последняя форма будет надежно работать с любым именем файла.