Это похоже на работу, добавил местоположение index.php и напрямую обрабатывает php в этом месте (в противном случае php не анализируется):
set $allowed 0; if ($remote_addr = my.ip.address) { set $allowed 1; } location /phpmyadmin { if ($allowed != 1) { rewrite ^ /404 break; } } location = /phpmyadmin/index.php { if ($allowed != 1) { rewrite ^ /404 break; } include snippets/fastcgi-php.conf; fastcgi_pass unix:/run/php/php7.2-fpm.sock; }