PAM не смешивает аутентификацию и тип учетной записи, а складывает их независимо друг от друга в соответствии с типом управления. Возвращаемое значение стека зависит от порядка опций и контрольных флагов, ср. https://docs.oracle.com/cd/E19253-01/816-4557/pam-15/index.html
То, что сделано с результатом, немного зависит от приложения. Обычно такая программа, как login или su, проверяет учетную запись только после успешной аутентификации.