У меня была такая же проблема. Флешка была быстрой, когда использовалась как носитель информации. Как загрузочный носитель крайне медленно.
Замедление произошло, когда я использовал концентратор, такой как док-станция или монитор с USB-портами. Когда использовался концентратор BIOS, в качестве устройства USB 1.1 использовалась флешка. Это произошло только тогда, когда моя флешка использовалась в качестве загрузочного носителя.
Без хабов моя флешка работала как загрузочный носитель.