Создание файла ~/.XCompose
со следующим содержимым должно помочь:
include "%S/en_US.UTF-8/Compose" <dead_acute> <C> : "Ç" <dead_acute> <c> : "ç"
Однако это работает, только если приложение читает файлы XCompose ( /usr/share/X11/locale/...
). Это не настройка X-сервера, но в действительности зависит от приложения, см. Ответ Жиля на UNIX.SE, чтобы узнать, как узнать, читает ли приложение эти файлы.