Вы не показываете нам свой сценарий, так что это, очевидно, несколько умозрительно; но, скорее всего, ваш сценарий не должен быть включен, profile.dпотому что он требует какого-то взаимодействия с пользователем.
Профиль должен быть зарезервирован исключительно для вещей, которые должны работать даже в неинтерактивных сессиях.
Правильное место для интерактивной функциональности, вероятно, вовсе не в ваших сценариях входа в систему, а что-то вроде этого, например, в вашем, $HOME/.bash_profileпо крайней мере, вы можете избежать ущерба для неинтерактивных сеансов.
case $- in *i*) invoke your script here;; esac Если у вас .bash_profileуже есть, он может уже содержать case $-заявление, которое вы можете изменить вместо добавления второго.