Причина, по которой это занимает много времени, заключается в том, что клочок перезаписывает каждый бит исходного файла, а затем переписывает с нулями.
Одна перезапись будет выполнять все, что вам нужно (если только у вас нет особых требований к регулированию для нескольких перезаписей), поэтому, проверяя размер файла, затем копируйте, по крайней мере, файл, в каждый из которых будет перезаписан весь файл.
Если вам просто нужно «удалить» файл в * nix, просто удалите inode, а в Windows просто удалите и очистите корзину, однако оба эти механизма позволят криминалистическим инструментам извлекать большую часть данных. То же самое произойдет, если вы просто перезапишите небольшой файл.
Прочитайте этот вопрос на сайте Security Stack Exchange и в нашем более широком сообщении в блоге.