Вы должны узнать, какие рабочие места atd работают, которые занимают так много времени. Так как atd может использоваться для запуска всех видов вещей, его отключение может отключить все виды служб, которые могут вам понадобиться (например, периодическое резервное копирование или что-то в этом роде).
Ваша проблема может заключаться в том, что что-то запускается чаще, чем нужно, или ставится в очередь.
Запустите команду atqс правами суперпользователя, чтобы увидеть, какие вещи находятся в очереди.