Удаление файла не очищает его данные (содержимое) - он только удаляет метаданные, говорящие о том, что файл находится там, и помечает соответствующее дисковое пространство как «свободное для последующего использования».
Но что еще более важно, ОС будет хранить эти метаданные столько времени, сколько потребуется. Даже после того, как вы отсоедините файл от его каталога (или от всех каталогов, если у него было несколько жестких ссылок), ОС не удалит фактический файл, если хотя бы один процесс сохраняет его открытым. Таким образом, файл все еще там - только безымянный (но все еще занимающий свое место) во время остальной части операции копирования.
Я так сказать, «операции копирования», потому что компьютеры не могут физически перемещать данные между дисками - первый файл копируется в пункт назначения, то исходный файл будет удален. Именно поэтому вы получили сообщение об ошибке: ваш файловый менеджер использует две отдельные операции (копирование и удаление); копирование выполнено успешно, но удаление не удалось (потому что вы уже удалили его).