EFS прозрачна для программ, то есть данные расшифровываются на лету, и, таким образом, инструмент zip будет упаковывать эти данные без какого-либо шифрования.
Предполагая, что вы создаете этот файл без незашифрованного местоположения, если копируете файл на диск, который его не поддерживает (например, внешнюю флеш-память FAT32), ключи EFS не потребуются.