В то же время я выяснил, в чем проблема, и подумал, что оставлю здесь ответ на случай, если это поможет кому-нибудь в будущем (я думаю, со временем вопросы без ответа удаляются). Проблема действительно была связана с программой, которую я загружал - BLAST +. Оказывается, если вы хотите запустить версию BLAST + для Linux на эмуляторе Cygwin, вам необходимо установить дополнительное программное обеспечение.
Вместо этого я обнаружил, что BLAST + имеет версию для Windows. Я скачал это (файл .exe), и теперь функции BLAST прекрасно работают из командной строки Windows.