После изучения этого способа я решил бы, как распаковать все файлы, создать список всех сумм sha256 (или любой другой хэш, который вы предпочитаете), а затем сжать все файлы вместе в один архив. Я был бы склонен использовать файл tar.gz для скорости и простоты использования, но вы можете использовать zip или bzip, 7zip, xz или что-то еще, если вы хотите меньший архив. Сжатие всех файлов в один большой сэкономит довольно много места само по себе.
Когда это будет сделано, используйте «par2», чтобы создать избыточность и проверку для zip-файла, и создайте резервную копию файла вместе с файлами .par2. (Я не играл с этим много, но цель par2 состоит в том, чтобы создать архив, который создает избыточность (PARity), чтобы поддержать целостность файлов.