Я не знаю ни о каких инструментах резервного копирования, которые «осведомлены о дедупликации». Однако из-за того, как работает дедупликация, я сомневаюсь, что она будет. Возможно, что программное обеспечение для резервного копирования улучшилось с тех пор, как я смотрел в последний раз.
Тем не менее, можно делать оптимизированные резервные копии дедуплицированных томов. Эта статья MSDN описывает подробно. По сути, ваш инструмент резервного копирования делает инкрементные резервные копии. Создавая резервные копии только измененных файлов с момента последнего резервного копирования, ваш инструмент не создает резервные копии новых файлов со своими дедуплицированными фрагментами.