Технически, да, он может фрагментироваться, если свободного места мало, и нет, он не очищается после себя. Чтобы проверить уровень фрагментации раздела:
fsck -nvf /dev/sda1 # replace sda1 with the relevant partition
и посмотреть, насколько фрагментирован конкретный файл:
filefrag -v /path/to/file
Вот статья о том, как дефрагментировать систему Linux, но есть вероятность, что она не оказывает заметного влияния на вашу систему, поэтому вам не нужно об этом беспокоиться.
Если вы действительно заинтересованы, эта статья и ее продолжение были чрезвычайно полезны для меня, чтобы понять, как работает файловая система.