Хорошо в моей системе
Версия
~$cat /etc/fedora-release Fedora release 25 (Twenty Five) Оконный менеджер
~$env | grep -i desktop DESKTOP_SESSION=gnome GNOME_DESKTOP_SESSION_ID=this-is-deprecated XDG_SESSION_DESKTOP=gnome XDG_CURRENT_DESKTOP=GNOME Настройки клавиатуры
~$setxkbmap -print xkb_keymap { xkb_keycodes { include "evdev+aliases(qwerty)" }; xkb_types { include "complete" }; xkb_compat { include "complete" }; xkb_symbols { include "pc+us+ru:2+us:3+inet(evdev)" }; xkb_geometry { include "pc(pc105)" }; }; с более или менее точным физическим представлением клавиатуры (PC105) 
Команда
setxkbmap -option altwin:ctrl_win заменяет клавишу «win» и делает ее клавишей «ctrl».
Что было изменено после казни
~$setxkbmap -print xkb_keymap { xkb_keycodes { include "evdev+aliases(qwerty)" }; xkb_types { include "complete" }; xkb_compat { include "complete" }; xkb_symbols { include "pc+us+ru:2+us:3+inet(evdev)+altwin(ctrl_win)" }; xkb_geometry { include "pc(pc105)" }; }; У меня один дисплей, у setxkbmap есть параметры дисплея и устройства, это может быть важно.
чтобы очистить параметры 'setxkbmap -option',
чтобы позже восстановить параметры, кажется, лучше использовать 'setxkbmap -query' вместо 'setxkbmap -print' перед
более сложные приемы замены с помощью setxkbmap в ответе Добавление пользовательских параметров setxkbmap и в сложную статью .
Другие возможные замены, согласно ответу от Rebind Alt, чтобы выиграть, используя setxkbmap? доступны для просмотра с:
grep alt /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.lst | grep win