Синтаксис
ffmpeg - -i input1 - -i input2 - output1 - output2 ...
Итак, параметры DirectShow для видео будут идти раньше, -i video="screen-capture-recorder"
а для аудио будут идти раньше-i audio="virtual-audio-capturer"
Тем не менее, вы должны показать полный вывод консоли от одного из ваших казней, чтобы можно было диагностировать проблему здесь.