Сам ffmpeg не может этого сделать. Вам нужен механизм, который выбирает соответствующий интерфейс Ethernet в зависимости от удаленного IP (или даже домена). Это то, что вы должны настроить в своей операционной системе.
Смежный вопрос к этой теме: Linux: маршрутизация на основе доменных имен - вы найдете несколько решений, включая использование route
для маршрутизации на основе IP и VPN для доменов.