В Windows есть несколько мест запуска.
В вашей папке автозагрузки:
%AppData%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\
В папке запуска всех пользователей (ProgramData)
%ProgramData%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\
В реестре:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Услуги (через реестр):
Не изменяйте реестр вручную, если вы не знаете, что делаете.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\
В дополнение к вышесказанному, проверьте планировщик задач (запустите taskschd.msc ) и службы Windows (запустите services.msc ) - так как оба могут содержать процессы (или задачи), которые запускаются автоматически при входе в систему.
Я очень рекомендую использовать Startup Delayer - отличную программу (есть бесплатная версия), способная редактировать все вышеперечисленное с помощью простого в использовании интерфейса.
Вы можете найти программу здесь: http://www.r2.com.au/page/products/show/startup-delayer/
Autoruns - еще одна замечательная программа, которая используется и является частью набора инструментов Microsoft Sysinternals. Его можно скачать здесь: https://docs.microsoft.com/en-us/sysinternals/downloads/autoruns