Когда вы включили эту функцию, вы просто проверили корневой узел и оставили не проверенными два других подузла для WCF?
Активация WCF HTTP используется с IIS, и IIS должен автоматически включаться при включении этой функции, но если была проблема с включением IIS, то ошибка, которую вы видите, может быть связана с IIS, а не с .net 3.5.1.