Возможно, portage не справляется с какой-то внутренней магией из-за некоторых отсутствующих утилит из binutils. Вы можете просто распаковать двоичный пакет в свой корневой раздел с помощью tar -xjf /usr/portage/packages/binutils*bz2 -C /
. Тогда вы можете попытаться восстановить binutils.
Кроме того, вы уверены, что загруженный вами пакет bin bin действительно tbz2, а не, скажем, html?