Похоже, слишком много цитат. Помните, что GNU Parallel предполагает, что {} анализируется непосредственно оболочкой. Попробуйте удалить "" вокруг {} и {/.}:
# Avoid typing --gnu ever again echo '--gnu' >> ~/.parallel/config find . -name "*.vi" | sort | parallel echo Encrypting {/.} ...";" gpg -r user@myemail.com -o /tank/test/{/.}.gpg -e {}