Одни только программы не могут обеспечить никакой «защиты от перехвата», если протокол уже не поддерживает ее. (Сервер должен знать, как снять защиту данных!)
Так что в случае «простого FTP» ответ - нет. Это одна из причин, по которой он называется «простой FTP».
Основной механизм «защиты от перехвата» в FTP обеспечивается «FTPS», который по сути является тем же TLS (SSL), что и в HTTPS. Поскольку это не новый протокол (в отличие от SFTP), есть вероятность, что ваш сервер уже поддерживает его. Включите FTPS в FileZilla и посмотрите, работает ли он - по умолчанию он не активен из-за различных проблем, связанных с NAT.
Другие протоколы, даже в простом режиме, могут использовать различные механизмы SASL для защиты только учетных данных для входа в систему (опять же, для этого требуется поддержка клиента и сервера), но я вообще не знаю ни о каком программном обеспечении FTP, поддерживающем SASL.