На большинстве систем, включая Linux, если часы не очень выключены, ntpd не устанавливает часы, вместо этого он изменяет длину секунды, так что часы медленно синхронизируются с мастером.
Это вызывает перекос часов, и это выгодно, потому что обычно лучше, чтобы секунда была немного неправильной, чем для секунд, которые нужно пропустить, или, что еще хуже, переделать.