Это одно решение, которое я нашел. Пожалуйста, оставьте свой ответ, если у вас есть лучший ответ (он предназначен только для утилит командной строки, которые отправляют сообщения о состоянии в STDERR вместо обычного потока вывода):
PS> $output = dos2unix.exe -n StartApp.sh StartApp_fixed.sh 2>&1 $output.CategoryInfo.TargetName | Out-Default dos2unix: converting file StartApp.sh to file StartApp_fixed.sh in UNIX format ...