Интерактивная не-Cygwin программа часто не работает правильно в терминалах Cygwin, таких как mintty, которые основаны на устройствах псевдотерминалов ("pty"). Это потому, что Cygwin использует каналы Windows для эмуляции ptys, поэтому нативная консольная программа видит канал, в котором они ожидают увидеть консоль. Среди других проблем, которые часто заставляют их переходить в неинтерактивный режим. Смотрите здесь, чтобы узнать больше об этом:
http://code.google.com/p/mintty/issues/detail?id=56
Возможно, вы сможете заставить его работать сносно, используя -interactive
коммутатор, но реальное решение - установить Cygwin-версию sqlite3 через Cygwin setup.exe .