Вы, вероятно, что-то случайно и Eclipse «потеряли» информацию о том, откуда появился этот плагин.
Перейдите в «Справка» -> «Установить новое программное обеспечение ...» и добавьте туда веб-сайт Aptana « http://download.aptana.com/studio3/plugin/install ». Если Аптана уже там, просто переименуйте ее.