Если вы хотите оставить его локальным, просто добавьте его в свой домашний каталог (или, если бы вы предпочли поместить его куда-нибудь более «центральный», я бы посоветовал /opt/aptana/
).
Вы можете добавить элементы в раскрывающийся список приложений, щелкнув правой кнопкой мыши «приложения» (перед его открытием) и выбрав «Редактировать меню». Зайдите в необходимое меню и нажмите «Новый элемент».