Я бы посмотрел на /var/log/Xorg.0.log
ошибки в первую очередь, до системного журнала, при отладке проблемы X Windows.
X11 Server Log The default X11 Windowing Server in use with Ubuntu is the Xorg X11 server, and assuming your computer has only one display defined, it stores log messages in the file /var/log/Xorg.0.log. This log is helpful for diagnosing issues with your X11 environment.
Когда я пишу это, я нахожусь в системе Ubuntu 14.04, и у меня нет доступа к моей системе Ubuntu 16.04. Насколько я могу судить, логи находятся там же.