Вы не можете использовать универсальную утилиту резервного копирования, такую как Back in Time, для резервного копирования баз данных.
Как вы обнаружили, вам нужен согласованный снимок файлов базы данных, чтобы иметь работоспособную резервную копию. Без этого вы получите что-то неправильное или просто не запускающееся. Проблема в том, что ib_logfile*они временно хранятся, а затем переносятся в табличные пространства. Вы можете удалить их, только если вы чисто завершили работу (что больше, чем systemctl stop mysqld), чего, очевидно, не произошло, когда вы делали резервную копию.
Таким образом, вкратце для MySQL, используйте программу резервного копирования, которая знает о MySQL (mysqldump, mydumper, xtrabackup), или инструмент согласованных снимков (llvm моментальные снимки или согласованные функции моментальных снимков на основе файловой системы) или подчиненный репликации один из предыдущих методов.
Возникновение файлов данных MySQL извне MySQL приведет только к потере данных. Не делай этого.