В Adobe Acrobat PRO X есть возможность добавить действие, вызываемое для выделения. Он использует параметр выделения и редактирования, но вместо того, чтобы редактировать найденный текст, он заменяет его подсветкой. Я попробовал это с файлом Kindle clippings.txt, и он работает как шарм. Я ненавижу ADOBE, хотя, поэтому я пытаюсь найти подобное решение для другого PDF-ридера.
Два парня создали AppleScript для программы чтения Mac OS X Skim PDF (которую я люблю), но я не мог заставить их работать. Я исследую это возможное решение в другом вопросе. Файл действий для ADOBE имеет расширение .sequ. Я не могу найти это сейчас в Google, но я знаю, что это там. К сожалению, я переименовал файл, поэтому не могу точно указать его источник.
Для проектов GitHub для Skim, см.