Не совсем понятно, что вы хотите сделать
Я хочу, чтобы Zotfile переименовал все мои PDF-файлы, которые я сохранил в определенном каталоге
Что вы подразумеваете под "сохранить в определенном каталоге"? Вы ищете функциональность «просматриваемой папки» (т.е. автоматически импортировать PDF-файлы из определенного каталога и переименовывать их на основе метаданных)?
Остальная часть вашего вопроса подразумевает, что вы просто хотите переименовать PDF-файлы, которые уже импортированы в Zotero и прикреплены к элементам Zotero (то есть имеют метаданные), поэтому я отвечу на эту часть.
После установки ZotFile (в качестве надстройки Firefox, если в противном случае используется Zotero для Firefox или как автономное дополнение Zotero), откройте настройки ZotFile через меню Gear. На вкладке Правила переименования заполните предпочтения по своему вкусу. Не выбирайте Использовать Zotero для переименования. Выберите элементы, содержащие вложения, которые вы хотите переименовать, или выберите вложения напрямую, щелкните правой кнопкой мыши выделенную область, перейдите в раздел «Управление вложениями» и нажмите «Переименовать вложения». Вложения будут переименованы.
Это не будет перемещать вложения. Они останутся в папке «хранилища» Zotero (при условии, что это не связанные вложения). Если вы также хотите переместить файлы в другую папку, вы можете использовать функцию ZotFile «Отправить на планшет», которая по существу перемещает выбранные вложения в указанную папку. Настройки для этого можно найти в настройках ZotFile -> Настройки планшета.
Обратите внимание, что изменение настроек переименования ZotFile не влияет на встроенную систему переименования вложений Zotero. Это контролируется через скрытый параметр attachmentRenameFormatString