Я наконец нашел проблему! На самом деле это очень глупая вещь. Я оставлю этот ответ для дальнейшего использования:
Если вы оставите пустое место в поле ввода совпадений браузера файлов, а затем закроете Gedit. В следующий раз, когда вы откроете Gedit, браузер файлов не покажет никаких файлов !! Видимо, текстовое поле ввода сохраняется где-то при закрытии приложения.
Итак, я очистил поле ввода матча и вуаля! Задача решена.