1) $ find /usr/lib/ -name "libgfortran.*"
Убедите себя в том, что простое составление недостающей символической ссылки libgfortran.so.4 -> libgfortran.so.5.0.0
совсем не помогает.
(Информация о версии цели "5.0.0" в символической ссылке будет отличаться в зависимости от установленных версий.)
2) Узнайте, какие именно зависимости нарушены. Это функция ваших установленных пакетов. (Замените /3.x
путь ниже на любую версию, которую R base
вы используете.)
$ ldd ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.x/*/libs/*.so \ | egrep '(so:$|not found)' > ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.x/foobar
ldd
печатает общие объектные зависимости. Любая строка в foobar
предыдущей строке, где отображается «not found», относится к сломанному пакету, который необходимо удалить и переустановить.
3) Переместите ранее идентифицированные поврежденные папки в резервную папку на ваш выбор. Пакеты Yr R обычно устанавливаются в ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.x/
lx по умолчанию. (Любое другое местоположение должно быть указано вами во время установки или глобально в вашем файле конфигурации R.) Из консоли R переустановите удаленные пакеты:
> install.packages(c("pkg_name_1","pkg_name_2",...), depend=T)
обратите внимание, что (removing | moving)
несуществующие (поврежденные) пакеты из их расположения и дальнейшие действия по их переустановке не исправят ничего, Вам нужно переместить папки с поврежденными пакетами из их местоположения, чтобы R мог перестраивать зависимости.
4) Загрузите интересующие библиотеки R и выполните специальные тесты с консоли R, прежде чем удалять ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.x/foobar
.
НТН.