От имени root запустите groups
- Root не входит в группу sudo, потому что зачем это нужно?
Что касается того, как это исправить, вы можете либо добавить root в группу sudo, либо поставить галочку в любом скрипте, который запускает sudo (который вы исключили как возможность для вашей конкретной проблемы, но это может быть решением для других ,
Чтобы добавить root в группу sudo:
(как корень) usermod -a -G sudo root