Как насчет опуская ;
от вашего custom_command
? Как в:
custom_command = ssh foobar cd baz/quux
Это должно просто выполнить команду после того, как логин принят, согласно документации ssh .
Для более постоянного решения вы всегда можете изменить .bash_profile
(или аналогичный) на сервере, чтобы всегда изменять каталоги при входе в систему.