Вы не можете, потому что так работает GNOME Terminal; это все еще одно приложение со многими окнами. (Это похоже на открытие нескольких веб-страниц в разных окнах в Firefox.)
Проблема UX частично решена расширением оболочки Alternate Tab - хотя даже без этого клавиша Tab в обзоре переключается между всеми окнами, а не только сгруппированными приложениями.
(FWIW: я не уверен, откуда rxvt-unicode
исходит от руки, но если вы бежите strings /usr/bin/urxvt|grep rxvt-unicode
, он появляется там.)