Вы не сможете сохранить цифровую подпись, если файл EXE будет изменен в любом случае, если у вас нет сертификата, с которым файл был подписан. В вашем случае вы хотите изменить файл explorer.exe, подписанный Microsoft, чтобы вы не смогли изменить этот файл и сохранить его подпись, если вы не являетесь Microsoft.
Подписи используются для проверки личности издателя файла. Разрешение повторной подписи файла отрицательно скажется на предполагаемой цели такой подписи, которая является основным средством, гарантирующим, что EXE-файл, который вы хотите запустить, является EXE-файлом, который вы знаете и которому доверяете, и не был изменен хакерами для внедрения эксплойтов.
Теперь вы действительно можете переподписать исполняемый файл после внесения изменений, но эта подпись не будет проверена как принадлежащая Microsoft и, вероятно, приведет к ошибкам и / или уведомлениям, связанным с безопасностью.