В меню выберите Preferences -> Settings
и измените Preferences.sublime-settings -- User
файл, как на картинке ниже:
Перезапустите Sublime Text после сохранения настроек.
ПРИМЕЧАНИЕ. Если открытый файл уже находится в кодировке, отличной от значения по умолчанию, Sublime Text продолжит использовать эту кодировку.