Я никогда не использовал его, но вы можете попробовать pandoc.
Установите pandoc, перейдите туда, где находится ваш файл .fb2, и запустите pandoc file.fb2 -o file.pdf. Он должен генерировать файл .pdf, который просто конвертируется в файл .fb2.
Подробнее о pandoc здесь . Он может конвертировать все виды файлов, проверить это.