Я не играл с UNC-путями, но, как я полагаю, вы должны использовать прямые, а не обратные слеши. Для обычных дисков вы можете использовать, /cygdrive/c
например, доступ к диску C.
В командном файле, чтобы открыть оболочку в корне C:
вы можете использовать:
c:\cygwin\bin\bash.exe --login -i -c 'cd "/cygdrive/c";bash'
Вас также может заинтересовать chere
пункт контекстного меню для Open bash здесь :