С достаточно новой микропрограммой 3ware и smartctl вы можете установить тайм-аут в режиме ожидания накопителя следующим образом (порт № 5 в этом примере);
smartctl -d 3ware,5 -s standby,7 /dev/twa0
7 - это тайм-аут, см. Описание опции «hdparm -s» для описания значения значений.
Текущие прошивки обрабатывают правильное вращение дисков и не будут случайным образом раскручивать их или выгонять.