dnf - это фоновая служба, которая автоматически обновляет метаданные хранилища. dnf makecache запускается после каждой перезагрузки
Чтобы отключить dnf-makecache.service:
systemctl disable dnf-makecache.service
Также отключите dnf-makecache.timer, иначе служба будет перезапущена:
systemctl disable dnf-makecache.timer
С уважением