Ты можешь использовать: gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-left disabled gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-right disabled gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-up disabled gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-down disabled
Названия этих (и многих других) настроек можно найти здесь (в несколько нечитаемой форме): https://github.com/mate-desktop/marco/blob/master/src/org.mate.marco.gschema.xml, Команда для изменения ярлыков очень коротко описана в https://github.com/mate-desktop/marco/blob/master/README .