Windows Safely Remove не удастся, только если ваш диск используется.
Я думаю, что вам нужно выяснить, почему это так.
Вы можете использовать Process Explorer со значком бинокля для поиска всех процессов, открывающих файлы X:, где X - ваш внешний диск. Таким образом, вы можете точно определить процесс, использующий диск, и, возможно, что-то с этим сделать.
Для вас нет другого способа безопасно удалить используемый диск.